RR est un langage de programmation et un logiciel de calcul scientifique.
R est orienté pour l’analyse de données et pour les modèles statistiques.
R est un langage interprété ne nécessitant pas un compilateur.
R est à typage dynamique: Les variables peuvent être crées automatiquement par R lors de la première affectation.
Exercise 1
# Créer les variables a, b et c
a = 10
b = 5
c = 3
# Afficher les valeurs des variables
print(a)[1] 10print(b)[1] 5print(c)[1] 3# Afficher a+b
print(a+b)[1] 15# Affecter 2a-b à une nouvelle variable d
d = 2*a-b
# Afficher d
print(d)[1] 15L’objet de base de R est le vecteur: Tout est d’abord vecteur sous R.
length(a)[1] 1Sous R, l’objet de base de le Vecteur, c’est à dire un tableau de données de même type.
# Ajoutons 7 au vecteur a
a[2] = 20
print(a)[1] 10 20Accéder aux éléments d’un vecteur par []
# Lire
a[1][1] 10# Modifier (muter)
a[1] = 0
print(a)[1] 0 20Saisir les éléments d’un vecteur
c (pour concatenate)# Exemple
x = c(1.50, 1.49, 1.75, 1.67, 1.90)Fonctions usuelles
# Longueur de x
length(x)[1] 5# La somme
sum(x)[1] 8.31# La amoyenne
mean(x)[1] 1.662# Multiplication par un réel
2*x[1] 3.00 2.98 3.50 3.34 3.80# Maximum
max(x)[1] 1.9# Minimum
min(x)[1] 1.49Fonction vectorisée
Les fonctions de base de R sont vectorisées: Pour un vecteur \(x=\left(x_1,\cdots,x_n\right)\), \(f(x)=\left(f(x_1),\cdots,f(x_n)\right)\).
cos(x)[1] 0.07073720 0.08070845 -0.17824606 -0.09904104 -0.32328957Nous considérons le jeu de données iris déjà disponible sous R.
# Afficher les premières lignes
head(iris) Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species
1 5.1 3.5 1.4 0.2 setosa
2 4.9 3.0 1.4 0.2 setosa
3 4.7 3.2 1.3 0.2 setosa
4 4.6 3.1 1.5 0.2 setosa
5 5.0 3.6 1.4 0.2 setosa
6 5.4 3.9 1.7 0.4 setosa# Afficher les dimensions
dim(iris)[1] 150 5# Nombre de lignes (individus)
nrow(iris)[1] 150# Nombre de colonnes (variables)
ncol(iris)[1] 5# Les noms des variables
names(iris)[1] "Sepal.Length" "Sepal.Width" "Petal.Length" "Petal.Width" "Species" Sélectionner des colonnes
# Sélectionner la conne j
iris[,1] [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4 4.6 5.0 4.4 4.9 5.4 4.8 4.8 4.3 5.8 5.7 5.4 5.1
[19] 5.7 5.1 5.4 5.1 4.6 5.1 4.8 5.0 5.0 5.2 5.2 4.7 4.8 5.4 5.2 5.5 4.9 5.0
[37] 5.5 4.9 4.4 5.1 5.0 4.5 4.4 5.0 5.1 4.8 5.1 4.6 5.3 5.0 7.0 6.4 6.9 5.5
[55] 6.5 5.7 6.3 4.9 6.6 5.2 5.0 5.9 6.0 6.1 5.6 6.7 5.6 5.8 6.2 5.6 5.9 6.1
[73] 6.3 6.1 6.4 6.6 6.8 6.7 6.0 5.7 5.5 5.5 5.8 6.0 5.4 6.0 6.7 6.3 5.6 5.5
[91] 5.5 6.1 5.8 5.0 5.6 5.7 5.7 6.2 5.1 5.7 6.3 5.8 7.1 6.3 6.5 7.6 4.9 7.3
[109] 6.7 7.2 6.5 6.4 6.8 5.7 5.8 6.4 6.5 7.7 7.7 6.0 6.9 5.6 7.7 6.3 6.7 7.2
[127] 6.2 6.1 6.4 7.2 7.4 7.9 6.4 6.3 6.1 7.7 6.3 6.4 6.0 6.9 6.7 6.9 5.8 6.8
[145] 6.7 6.7 6.3 6.5 6.2 5.9# On peut aussi utiliser les noms
iris[, "Sepal.Length"] [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4 4.6 5.0 4.4 4.9 5.4 4.8 4.8 4.3 5.8 5.7 5.4 5.1
[19] 5.7 5.1 5.4 5.1 4.6 5.1 4.8 5.0 5.0 5.2 5.2 4.7 4.8 5.4 5.2 5.5 4.9 5.0
[37] 5.5 4.9 4.4 5.1 5.0 4.5 4.4 5.0 5.1 4.8 5.1 4.6 5.3 5.0 7.0 6.4 6.9 5.5
[55] 6.5 5.7 6.3 4.9 6.6 5.2 5.0 5.9 6.0 6.1 5.6 6.7 5.6 5.8 6.2 5.6 5.9 6.1
[73] 6.3 6.1 6.4 6.6 6.8 6.7 6.0 5.7 5.5 5.5 5.8 6.0 5.4 6.0 6.7 6.3 5.6 5.5
[91] 5.5 6.1 5.8 5.0 5.6 5.7 5.7 6.2 5.1 5.7 6.3 5.8 7.1 6.3 6.5 7.6 4.9 7.3
[109] 6.7 7.2 6.5 6.4 6.8 5.7 5.8 6.4 6.5 7.7 7.7 6.0 6.9 5.6 7.7 6.3 6.7 7.2
[127] 6.2 6.1 6.4 7.2 7.4 7.9 6.4 6.3 6.1 7.7 6.3 6.4 6.0 6.9 6.7 6.9 5.8 6.8
[145] 6.7 6.7 6.3 6.5 6.2 5.9# Avec $
iris$Sepal.Length [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4 4.6 5.0 4.4 4.9 5.4 4.8 4.8 4.3 5.8 5.7 5.4 5.1
[19] 5.7 5.1 5.4 5.1 4.6 5.1 4.8 5.0 5.0 5.2 5.2 4.7 4.8 5.4 5.2 5.5 4.9 5.0
[37] 5.5 4.9 4.4 5.1 5.0 4.5 4.4 5.0 5.1 4.8 5.1 4.6 5.3 5.0 7.0 6.4 6.9 5.5
[55] 6.5 5.7 6.3 4.9 6.6 5.2 5.0 5.9 6.0 6.1 5.6 6.7 5.6 5.8 6.2 5.6 5.9 6.1
[73] 6.3 6.1 6.4 6.6 6.8 6.7 6.0 5.7 5.5 5.5 5.8 6.0 5.4 6.0 6.7 6.3 5.6 5.5
[91] 5.5 6.1 5.8 5.0 5.6 5.7 5.7 6.2 5.1 5.7 6.3 5.8 7.1 6.3 6.5 7.6 4.9 7.3
[109] 6.7 7.2 6.5 6.4 6.8 5.7 5.8 6.4 6.5 7.7 7.7 6.0 6.9 5.6 7.7 6.3 6.7 7.2
[127] 6.2 6.1 6.4 7.2 7.4 7.9 6.4 6.3 6.1 7.7 6.3 6.4 6.0 6.9 6.7 6.9 5.8 6.8
[145] 6.7 6.7 6.3 6.5 6.2 5.9# Sélectionner les colonnes 1 et 2
iris[, c(1, 2)] Sepal.Length Sepal.Width
1 5.1 3.5
2 4.9 3.0
3 4.7 3.2
4 4.6 3.1
5 5.0 3.6
6 5.4 3.9
7 4.6 3.4
8 5.0 3.4
9 4.4 2.9
10 4.9 3.1
11 5.4 3.7
12 4.8 3.4
13 4.8 3.0
14 4.3 3.0
15 5.8 4.0
16 5.7 4.4
17 5.4 3.9
18 5.1 3.5
19 5.7 3.8
20 5.1 3.8
21 5.4 3.4
22 5.1 3.7
23 4.6 3.6
24 5.1 3.3
25 4.8 3.4
26 5.0 3.0
27 5.0 3.4
28 5.2 3.5
29 5.2 3.4
30 4.7 3.2
31 4.8 3.1
32 5.4 3.4
33 5.2 4.1
34 5.5 4.2
35 4.9 3.1
36 5.0 3.2
37 5.5 3.5
38 4.9 3.6
39 4.4 3.0
40 5.1 3.4
41 5.0 3.5
42 4.5 2.3
43 4.4 3.2
44 5.0 3.5
45 5.1 3.8
46 4.8 3.0
47 5.1 3.8
48 4.6 3.2
49 5.3 3.7
50 5.0 3.3
51 7.0 3.2
52 6.4 3.2
53 6.9 3.1
54 5.5 2.3
55 6.5 2.8
56 5.7 2.8
57 6.3 3.3
58 4.9 2.4
59 6.6 2.9
60 5.2 2.7
61 5.0 2.0
62 5.9 3.0
63 6.0 2.2
64 6.1 2.9
65 5.6 2.9
66 6.7 3.1
67 5.6 3.0
68 5.8 2.7
69 6.2 2.2
70 5.6 2.5
71 5.9 3.2
72 6.1 2.8
73 6.3 2.5
74 6.1 2.8
75 6.4 2.9
76 6.6 3.0
77 6.8 2.8
78 6.7 3.0
79 6.0 2.9
80 5.7 2.6
81 5.5 2.4
82 5.5 2.4
83 5.8 2.7
84 6.0 2.7
85 5.4 3.0
86 6.0 3.4
87 6.7 3.1
88 6.3 2.3
89 5.6 3.0
90 5.5 2.5
91 5.5 2.6
92 6.1 3.0
93 5.8 2.6
94 5.0 2.3
95 5.6 2.7
96 5.7 3.0
97 5.7 2.9
98 6.2 2.9
99 5.1 2.5
100 5.7 2.8
101 6.3 3.3
102 5.8 2.7
103 7.1 3.0
104 6.3 2.9
105 6.5 3.0
106 7.6 3.0
107 4.9 2.5
108 7.3 2.9
109 6.7 2.5
110 7.2 3.6
111 6.5 3.2
112 6.4 2.7
113 6.8 3.0
114 5.7 2.5
115 5.8 2.8
116 6.4 3.2
117 6.5 3.0
118 7.7 3.8
119 7.7 2.6
120 6.0 2.2
121 6.9 3.2
122 5.6 2.8
123 7.7 2.8
124 6.3 2.7
125 6.7 3.3
126 7.2 3.2
127 6.2 2.8
128 6.1 3.0
129 6.4 2.8
130 7.2 3.0
131 7.4 2.8
132 7.9 3.8
133 6.4 2.8
134 6.3 2.8
135 6.1 2.6
136 7.7 3.0
137 6.3 3.4
138 6.4 3.1
139 6.0 3.0
140 6.9 3.1
141 6.7 3.1
142 6.9 3.1
143 5.8 2.7
144 6.8 3.2
145 6.7 3.3
146 6.7 3.0
147 6.3 2.5
148 6.5 3.0
149 6.2 3.4
150 5.9 3.0Statistiqes
# Moyenne
mean(iris$Sepal.Length)[1] 5.843333# Variance
var(iris$Sepal.Length)[1] 0.6856935# Écart-type
sd(iris$Sepal.Length)[1] 0.8280661# Médiane
median(iris$Sepal.Length)[1] 5.8# Les quartiles
quantile(iris$Sepal.Length) 0% 25% 50% 75% 100%
4.3 5.1 5.8 6.4 7.9 # Étendu
max(iris$Sepal.Length) - min(iris$Sepal.Length)[1] 3.6Graphiques
# Histogramme
hist(iris$Sepal.Length, breaks = c(4, 5, 5.5, 6, 6.5, 7, 8), col="purple")
# Boîte à moustaches
boxplot(iris$Sepal.Length, col="steelblue", border = "coral")
Tableau Statistique
# Tableau des effectif
table(iris$Species)
setosa versicolor virginica
50 50 50 # Les frequences
n = nrow(iris)
table(iris$Species)/n
setosa versicolor virginica
0.3333333 0.3333333 0.3333333 # Mode
tab = table(iris$Species)
which.max(tab)setosa
1 Graphiques
# Diagramme à barres
tab = table(iris$Species)
barplot(tab, col="red", border = FALSE)
# Diagramme circulaire (pie chart)
pie(tab)
Coefficient de corrélation
cor(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width)[1] -0.1175698# Nuqge de points
plot(iris$Sepal.Length, iris$Sepal.Width, col=iris$Species, pch=20)
# Moyennes par espèces
tapply(iris$Sepal.Length, iris$Species, mean) setosa versicolor virginica
5.006 5.936 6.588 # Variance
tapply(iris$Sepal.Length, iris$Species, var) setosa versicolor virginica
0.1242490 0.2664327 0.4043429 boxplot(iris$Sepal.Length ~ iris$Species, col = "coral")
n = nrow(iris)
tss = (n-1)*var(iris$Sepal.Length)
variancesIntra = tapply(iris$Sepal.Length, iris$Species, var)
effectifs = tapply(iris$Sepal.Length, iris$Species, length)
wss = sum(variancesIntra * (effectifs - 1))
bss = tss - wss
eta2 = bss/tss
cat("Rapport des corrélations: ", eta2, "\n")Rapport des corrélations: 0.6187057 eff = matrix(c(45, 70, 60, 30, 25, 50), nrow=2)
colnames(eff) = c("Pop", "Rock", "Classic")
rownames(eff) = c("H", "F")
eff Pop Rock Classic
H 45 60 25
F 70 30 50chi2 = chisq.test(eff)$statistic
chi2X-squared
22.45411 V = sqrt((chi2)/(sum(eff)*min(3-1, 2-1)))
VX-squared
0.2831841